利用Facebook的加速科學研究:群眾外包式魚類辨識

這是一個利用Facebook促進科學研究加快的故事。簡單地說,研究人員因為採集大量的魚類照片,自已辨識的話,得花費不少時間,因此計畫主持人的學生提議將照片放上Facebook將他們的朋友們來幫他們辨識這些照片,當然他們的朋友多數也是魚類或生物得家,而照片放上Facebook的24小時後,就有90﹪的照片已經被辨識,這個成功的故事就這樣登上了Science期刊!

Facebook的頁面

Posted by Brian Sidlauskas on Tuesday, February 8, 2011

Video:
http://shelby.tv/video/youtube/8hhXZwLFfao/facebook-stories-speeding-up-science

文章原稿:
Science. 2011 Apr 29;332(6029):537.
Life in science. Ichthyologists hooked on Facebook.
Sidlauskas B, Bernard C, Bloom D, Bronaugh W, Clementson M, Vari RP.

Ichthyologists Hooked on Facebook

The Cuyuni River, which runs from Venezuela through Guyana and into the Atlantic via the Essequibo River, harbors hundreds of fish species. Although much of the river flows far from civilization, pollution from gold mining and other environmental hazards threaten its rich community of wildlife. Earlier this year, a small group of us from the United States and Guyana set out to perform the first comprehensive survey of the river’s fishes with support from the Biological Diversity of the Guiana Shield program at the Smithsonian’s National Museum of Natural History. We aimed to determine which species still thrived in the river, which might have disappeared, and whether any of the remote river’s denizens were entirely new to science.
We arrived in January, during the dry season, and embarked for two weeks of collecting and camping along 200 km of rainforest-lined river.

Local boatmen helped us navigate the often perilous river, and each day, we stood neck-deep in the muddy waters and pulled wide nets to catch samples of the life teeming beneath the surface. One student, Whit Bronaugh, photographed each species as the collection grew to hundreds, and then thousands, of fishes large and small.

Upon returning to Georgetown (Guyana’s capital), a major challenge confronted us. As a condition to securing an export permit, we had just one week to complete a detailed report with each of our 5000 specimens identified to genus and species. Given the limited library resources at our disposal and the time constraint, the task seemed impossible.

Then one of the students, Devin Bloom, suggested posting our many photographs on Facebook and inviting the ichthyologists among our circle of friends to help us identify them. Would that far-flung community take the time to help us? We decided to find out.
We posted the photographs (1), and within minutes comments began to pour in. “They look like fish to me” one commenter cheerfully acknowledged. On an anchovy, another noted, “Pizza topping.” But before long, more insightful messages began to appear. On a catfish: “would say Megalechis personata,” followed by another suggestion, “my guess would be Megalechis horacatum.” Amazed, we collected identifications from our friends, and then from friends of friends, contributing their expertise from around the world. Less than 24 hours later, 90% of our specimens were identified. Armed with our export permit, we packed
our specimens for shipment and returned home, grateful beyond words for the generosity of our colleagues, and for the social network that allowed us to harness their vast collective expertise and provide faster and more accurate identifications than we ever would have dreamed possible.

首次台灣開放街圖研討會(SotM Taiwan 2012)的記事

開放街圖 (OpenStreetMap) 計畫已經在台灣進行多年,隨著開放街圖在全球知名度大開,台灣的製圖參與者 (mappers) 與日增多,台灣開放街圖雖然沒有政府部門開放資料與製圖相關的商業團體支持,在 mappers 一步一腳印地繪製,台灣地區資料量也日漸豐富,但相對於鄰近日本,以及歐美各國,台灣開放街圖仍然不足,亟需更多 mappers 的加入。台灣 OSM 社群目前缺乏系統性互動討論,以及更深入地對於技術發展、應用推動、和交流的平台,因此極有必要舉辦台灣 OSM 研討會,讓以社群為主的地圖成為各界共同討論的目標,達到概念性與技術性的交流。

此次報名人數超乎預的踴躍,截止前已超過100人,因為場地的限制,過多的人我們無法容納,但讓我感到揪感心的是報到率出奇之高,當天來了80位左右的朋友,做為首次舉辦的研討會,尤其OSM Taiwan的社群又相對於其它社群規模小,能有這樣的數量已經感到十分滿足,謝謝大家的支持!

當日議程和投影片都放在SotM Taiwan 2012活動網頁,本次研討會榮幸地邀請中研院資訊所副研究員莊庭瑞博士,就「大眾協作與個人記憶」為主題,講述群眾外包的地圖特性與合作協同過程中如同透過地圖編輯保存共同的地方記憶,當天上午並有6個演講,涉及層面廣,從Open Data、防災、歷史地圖、教育到授權,下午則是台灣 OSM Mappers較為實務性的分享。所有的演講都有錄影,並置於YouTube,感謝OSSF同仁錄影並整理上傳。

當天本人統計分析一下台灣Mappers的製圖特性,做為開場,投影片在SlideShare:

我們這種小地區的SotM,ito world並不會幫我們做過去一年的製圖概況,因此自已親手做了一個利用CartoDB+Torque的版本:

http://geocyber.org/maps/osm/sotm2012/taiwan_osm_2012.html

SotM Taiwan 2012的活動照片:
[fsg_gallery id=”1″]

群眾外包的訊息平台 — Ushahidi

Ushahidi 是一套著名的群眾外包 (Crowdsouring) 平台,被運用在許多世界上重大的災難事件中,它的出現是因為2007年非洲肯亞總統大選出現爭議而暴動,為收集肯亞各地暴動資訊,Erik Hersman等人建立了一個以電子郵件和簡訊方式收集暴動事件之資訊,並顯示於Google Map 上,此平台並命名為 Ushahidi ,即為非洲斯瓦希里語 (Swahili) 的「證詞 (testimony)」或「證人 (witness) 」之意,而 Ushahidi 以收集群眾所提供的災難資訊,並繪製於地圖上的方式,也稱為災難地圖 (Crisis Map) 。
Ushahidi平台建立於 Kohana 網頁架構,也就是一個PHP 5 為基礎,提供許多豐富的套件以用來建立網頁, 為 CodeIgniter 架構 (PHP 5 開發環境) 的一個分支。在簡訊收集方面,Ushahidi並內建 Nexmo,用來處理大量手機簡訊(Shot Mobile Message)的API,以及 Clickatell 來提供收集簡訊閘口 (gateway),此外,Ushahidi 也常使用 FrontlineSMS 來收集使用者所發送的簡訊。在地圖顯示方面,Ushahidi使用OpemLayers套件為災難訊息地理視覺化的工具,使用者透過這個套件可以將災害訊息定位,所收集的災難訊息也可以分門別類地顯示於地圖上。圖1為我們所建立的測試平台。

圖1: 我們所建立的Ushahidi測試平台
圖1: 我們所建立的Ushahidi測試平台

SwiftRiver是擴充Ushahidi資料收集的系統,該系統結合自然語言處理和資訊探礦的處理套件,能分析使用者所上傳資料,如Twitter和簡訊,在短時間內,幫使用者分類並提供使用者充份的背景資訊,讓使用者更容易提供資訊,另一方面,資料收集者也因為充份對上傳的災害資訊分析,能有效地歸類整理災害資訊,而使所收集的資訊能加以利用,因此SwiftRiver被定位為具有所生產一個智慧且即時的資料收系統。SwiftRiver具有三個主要功能:1) 組織未結構化資料、 2) 條件式過濾和即時分辨上傳訊息的優先程度、 3) 加入有意義的脈給 (context) ,如位置,圖2為SwiftRiver的使用介面,對於來自於Twitter的事件報告,可以進行內容的過濾與辨識,以利後續分類及訊息分送。

圖2: SwiftRiver的使用介面
圖2: SwiftRiver的使用介面

Ushahidi在世界各地及重大災難事件的使用

(1) 2010年海地地震

在2010年海地地震發生沒多久,哈佛大學人道計畫(Harvard Humanitarian Initiative) 發起人之一, 利用Ushahidi 開啟了一個三個單位聯合的海地人道救援計畫,包含美國塔夫茲大學佛萊契爾法律外交學院(The Fletcher School of Law & Diplomacy at Tufts University)、哥倫比亞聯合國人道事務協調辦公室(UN OCHA/Colombia)和危機資訊製圖者國際網絡(the International Network of Crisis Mappers (CM*Net)),在該計畫開始後的幾個小時,即有許多的人道救援和技術的工作者加入,近40000筆的事件報告被傳送到這個海地地震的Ushahidi,之中有約4000筆的事件被標示於地圖中,圖3這個海地地震的Ushahidi。

圖3: 用來收集與報導2010年海地地震之相關災害訊息的Ushahidi
圖3: 用來收集與報導2010年海地地震之相關災害訊息的Ushahidi

(2) 2011年紐西蘭基督城地震
在2011年2月22日的紐西蘭基督城地震後24小時, 基督城復原地圖(Christchurch Recovery Map) 即利用 Ushahidi 建立起來,該網站標示了重要物資訊息,如食物、水、廁所、燃料、ATM和醫藥用品,其訊息由Twitter以#eqnz這個雜湊標籤、簡訊和電子封件來收集,這個網站由一群網站專業工程師和志工來建立與維護,如圖4所示。

圖4: 基督城復原地圖
圖4: 基督城復原地圖

(3) 2012年東日本大地震

2012年東日本大地震之後,Ushahidi被使用來交換傳遞地震災情與救援相關訊息。圖5為利用Ushahidi建立的日本復原地圖。

圖5: 日本復原地圖
圖5: 日本復原地圖

(4) 2011年美國密蘇里河洪水

MightyMoRiver 計畫是使用 Ushahidi 為 Crowdmap.com 服務的平台來追蹤2011年美國密蘇里河洪水的災害事件。

圖6: 密蘇里河洪水事件災害地圖
圖6: 密蘇里河洪水事件災害地圖

(5) 馬其頓共和國的貪腐事件報告

透明觀察計畫是使用 Ushahidi平台來追蹤馬其頓共和國的貪腐事件, PrijaviKorupcija是一個由馬其頓國際透明組織(Transparency International – Macedonia)和國際關係中心(Center for International Relations)聯合的計畫,旨在使公民可利用手機簡訊、電子郵件和twitter的雜湊標籤#korupcijaMK 來報導馬其頓貪腐事件。

圖7: 馬其頓共和國的貪腐事件地圖
圖7: 馬其頓共和國的貪腐事件地圖